更始帝延续新莽制度，以州牧行大将军事，但并没有赋予其统御一州地方军队的绝对军权。光武帝从建国伊始便重新确立了以郡为重心的地方军制，在重兵所向之州郡，以将军领太守事，或太守赐将军号、行将军事，即以太守作为征伐和屯戍的地方官统帅，而州牧退居边缘。州牧军权非如学界通常所认为的那样，晚至建武十八年复刺史才被削夺，两汉之际州不能将属郡兵统合为“州兵”，州牧亦不曾真正成为一州军事统帅。建武十八年复刺史，保留了其督察属郡军事的合法权力，为和帝以后刺史大规模介入地方军事埋下了伏笔。